Babası Sultan Üçüncü Mustafa Han, annesi ise hayırsever bir Valide Sultan olarak adlandırılan Mihrişah Valide Sultan’dır. Osmanlı hanedanında 33 yıl 10 ay ve 20 gün süreyle hiçbir şehzade doğmamış ve bu durum memlekette büyük bir endişeye sebep olmuştu. Şehzade Selim (3.Selim) 24 Aralık 1761 de Topkapı Sarayı’nda doğduğu zaman 7 gün 7 gece süren “şehrayin” şenlikleri yapılmıştır.
 
Şehzade Selim küçük yaştan itibaren sarayda mükemmel bir eğitim gördü. Devrin önde gelen âlimlerinden dini ve fenni ilimleri ikmal ederek Arapça ve Farsça’yı ileri seviyede öğrenmiştir. Osmanlı-Avusturya, Rusya Harbinde cephelerden gelen kötü haberlere dayanamayıp vefat eden Amcası Sultan Birinci Abdülhamid’den sonra 7 Nisan 1789 tarihinde 28 yaşında iken 28. Osmanlı padişahı olmuştur.  Sultan Üçüncü Selim tahta çıktığında Osmanlı Devleti Rusya ve Avusturya ile savaş halindeydi. Sultan Üçüncü Selim bu iki devlete karşı mücadeleye devam etti.



Bu savaşın temel sebepleri Kırım'ı kurtarmak ve Osmanlı topraklarını aralarında paylaşma hesapları yapan Avusturya ve Rusya'ya engel olmaktı. Bazı cephelerden iyi haberler gelmekle birlikte Osmanlı Devleti Avusturya ve Rusya karşısında askeri ve mali açıdan büyük zayiatlar vermişti. Fransız İhtilali’nin yaydığı milliyetçilik akımından endişe eden Avusturya ile 1791 yılında Ziştovi Antlaşması, Avusturya’nın savaştan çekilmesiyle yalnız kalan Rusya ile 1792 yılında Yaş Antlaşması imzalanarak savaşa son verildi. Osmanlı Devleti, Ziştovi ve Yaş Antlaşmalarıyla, en az kayıpla harbe son verip, büyük mâlî külfetlerden kurtulmuştur. Avusturya-Rus harplerinin antlaşmalarla halli sonrasında; Avrupa devletlerinin 1789 Fransız İhtilâli’nin etkisiyle, ülkelerinde meydana gelen hâdiselerle uğraşması, Osmanlı Devleti’ni geçici bir sulh devrine soktu. Sultan Üçüncü Selim, savaşlarda alınan yenilgiler üzerine askeri, ekonomik yönden devlette yeni bir yapılanma başlattı. bU yapılanmaya Nizam-ı Cedid(Yeni Düzen) denilmişti. 24 Şubat 1793 tarihinde Yeniçeri Ocağının yanında Avrupa usulünde eğitim alan Nizam-ı Cedid ordusunu kurdu. Nizam-ı Cedid ocağının masraflarını karşılamak için İrad-ı Cedid adında yeni bir de hazine kuran Sultan Üçüncü Selim, bu yeni askeri örgütün eğitim ve öğretim işlerini de Avrupa'dan getirttiği yabancı subaylara verdi. Selimiye kışlalarını kurdu, mevcut Kara ve Deniz Mühendishanelerini de yeniledi. Özellikle Yaş Antlaşması'ndan sonra ıslahatlara yönelen Sultan Üçüncü Selim, Nizam-ı Cedid'i oluşturmakla yetinmeyip, Paris, Londra, Viyana ve Berlin gibi kentlerde elçilikler açtı. Fransızca, Osmanlı Devletinin ilk resmi yabancı dili olarak kabul edildi. Yabancı dil eğitimine ve kültür hareketlerine önem verildi, bazı teknik eserler Türkçe'ye çevrildi. Fransız İhtilali ile birlikte Fransa’da krallık devrilmiş ve yerine Cumhuriyet kurulmuştu.



Fransa’nın başına geçen Napolyon Bonapart Avrupa’ya yaptığı savaşlardan galip çıkarak üstünlüğünü kabul ettirmişti. Fakat sadece İngiltere’ye galip gelememişti. Napolyon, İngiltere’nin Hindistan’a giden yolunu kesmek için o dönemlerde Osmanlı toprağı bulunan Mısır’ı 1798 yılında işgal etti. Bunun üzerine Osmanlı Devleti, Fransa üzerine savaş ilan etti. Akka önlerinde Cezzar Ahmed Paşa komutasındaki Osmanlı Ordusu karşısında mağlubiyet alan Napolyon Bonapart, canını zor kurtararak Fransa’ya kaçmıştı. Fransa'nın 27 Haziran 1801 tarihinde Mısır'dan çekilmesi üzerine Osmanlı Devleti ile Fransa arasında 25 Haziran 1802 tarihinde El-Ariş Antlaşması imzalandı. Bu antlaşma ile Mısır, Osmanlı Devletine geri verildi. Bu savaştaki başarının Nizam-ı Cedid ordusunun başarısı olarak anılması üzerine, Yeniçeri ordusu ve bazı çevreler tarafından rahatsızlıkla karşılanmıştı. 1807 yılında başlayan huzursuzluklar neticesinde padişahlığı bırakan Üçüncü Selim, 1 yıl sonra Alemdar Mustafa Paşa’nın kendisini tekrar padişah yapmak istemesi üzerine ayaklandığı sırada, Sultan Dördüncü Mustafa taraftarı kişiler tarafından 28 Temmuz 1808 tarihinde Topkapı Sarayı’nda boğularak şehid edildi. 29 Temmuz günü kalabalık bir cenâze merâsimiyle, Lâleli Câmii yanında babası Üçüncü Mustafa Han’ın türbesine defnedildi.


 
Vatanına, milletine, dinine çok düşkün ve son derece merhamet sahibi olan Üçüncü Selim aynı zamanda büyük bir sanatkâr idi. İyi bir şair, tanburi, neyzen, bestekar, hattat ve hanende idi. Yazmış olduğu hat ve levhalar cami ve türbelere asılmıştır. İstanbul Selimiye Camî, Tophane Kışlası, Selimiye Kışlası vs. gibi büyük ve önemli binalar inşâ ettirmiştir. Ayrıca döneminde meydana gelen büyük deprem sonrası yıkılan Eyüb Sultan Camî’yi ve Eyüb Sultan Türbesini yeniden yaptırmıştır. Eyüb Sultan Türbesinin kapılarını gümüşten yaptırmış, cami ve türbede bulunan hat kuşaklarını bizzat kendi eliyle yazmıştır. Konya'daki Mevlana türbesinde de bazı kısımları tamir ettirmiştir.